Stiprūs vėjai, pustymas, sausi, greit įkaistantys, nederlingi dirvožemiai, druskingas vanduo, staigios ir dažnos oro permainos nulemia Kuršių nerijos augalijos išskirtinumą. Kuršių nerijoje auga apie 900 augalų rūšių, iš kurių 31 įrašyta į Lietuvos Raudonąją knygą. Didžioji dalis Kuršių nerijos apaugusi mišku, tai sudaro apie 70 proc.

Einant per Kuršių neriją iš vakarų į rytus ir stebint augaliją, galima išskirti kelis natūralius augmenijos ruožus: paplūdimio, apsauginio kopagūbrio, palvės, kupstynės, didžiųjų kopų, pamario. Ties Juodkrante ir Nida ryški senųjų parabolinių kopų juosta, kur išlikę seniausi ir gražiausi miškai. Čia galima rasti 100–150 metų amžiaus pušų, eglių, ąžuolų. Juodkrantės apylinkėse veši reta Lietuvoje šiaurinė linėja.