Baltijos jūra pradėjo formuotis, kai jos vietoje buvęs ledyno skydas pradėjo tirpti ir trauktis. Jūrai susidaryti įtakos turėjo ne tik ledyno tirpimas, bet ir Žemės plutos svyravimas – izostazinis judėjimas, vandenyno lygio svyravimai. Formavimosi laikotarpiu Baltijos jūros vandens savybės nuolat kito, keitėsi temperatūra, druskingumas. Pagal prie tam tikrų vandens savybių prisitaikusius gyventi moliuskus, mokslininkai skiria keturis Baltijos jūros raidos etapus.
Baltijos jūros raida
Besitraukiančio ledyno pietiniame pakraštyje atsivėrė didelė Baltijos dubuma, kurią užpildė tirpstančio ledyno vanduo. Ledyno liežuviai ir morenų ruožai neleido šiam vandens telkiniui susisiekti su Atlanto vandenynu, todėl tai buvo gėlo vandens telkinys. Ežero plotas buvo daug mažesnis už dabartinės Baltijos jūros plotą.