Nuo XVI amžiaus žmogaus veikla Kuršių nerijoje vis intensyvėjo – masiškai kertami miškai, ganomi gyvuliai, paspartėjo dervos ir medžio anglies gavyba, sakinimas, įvyko miško gaisrų. Jau tuo laikotarpiu buvo apribojimų kirsti miškus, o 1624 m. įkurtas pirmasis Šarkuvos draustinis.
Per 1756–1763 m. karą pusiasalio miškai tapo medienos žaliavos šaltiniu, o dėl intensyvaus jų kirtimo XVIII a. slenkantis smėlis palaidojo 14 kaimų, Lietuvos teritorijoje 6. Daugelis kaimų buvo perkelti į naują vietą po kelis kartus.
XIX a. pr. paskelbus konkursą, kaip pigiausiai ir efektyviausiai sustabdyti slenkančias kopas, Vitenbergo universiteto profesorius J. D. Titijus pasiūlė apželdinti kopas tvirtinant mechanines užtvaras, apželdinant daugiametėmis žolėmis, o vėliau – mišku.
Tikrasis kopų apželdinimas prasidėjo tik nuo 1870 m. ir tuo laikotarpiu paplito kalninė pušis (Pinus montana), kurios paviršiniuose dirvos sluoksniuose esanti šaknų sistema puikiai sutvirtina judrų smėlį.
Dabar daugiau kaip kaip pusė medžių Kuršių nerijoje yra pasodinti žmogaus. Vyrauja spygliuočių miškai (80 proc.): paprastoji pušis (Pinus silvestris), kalninė pušis (Pinus montana). Pastarosios tėvynė – Vidurio ir Pietų Europos kalnai. Palankesnėmis sąlygomis kalninė pušis išauga iki 10 m, o kopų viršūnėse – vos 1 m aukščio. Užpustyta smėlio ji dar kelerius metus sugeba žaliuoti. Kuršių nerijos teritorijoje taip pat auga bankso, juodoji, veimutinė, murėjos bei kryminė pušys. Jos paplitusios mažomis grupėmis ir didesnių plotų neužima. Per Antrąjį pasaulinį karą Kuršių nerijos miškus naikino karo veiksmai, gaisrai, kirtimai, įrengti karinės infrastruktūros objektai. Ir tik 1951 m. vėl pradėti smėlynų sutvirtinimo darbai.