ES agentūras sudaro šios grupės:

• Reguliavimo agentūros ir įstaigos. Jos įkurtos geografinės decentralizacijos tikslu siekiant spręsti naujus teisinio, techninio ir mokslinio pobūdžio uždavinius.
• EURATOMO agentūros ir įstaigos. Koordinuoja valstybių narių mokslinių tyrimų, susijusių su branduolinės energijos naudojimu taikiems tikslams, programas; gilina šios srities veiklai būtinas žinias, plėtoja infrastruktūrą ir teikia finansavimą; užtikrina atominės energijos tiekimo pakankamumą ir saugą.
• Vykdomosios agentūros. Organizacijos, kurioms pavedamos vienos ar daugiau Bendrijos programų valdymo tam tikros užduotys.
• Finansų priežiūros institucijos. Tikslas – neleisti susidaryti rizikai, kuri pavojinga visos finansų sistemos stabilumui.