Lietuvos upės priklauso šešiems upių, įtekančių į Baltijos jūrą, baseinams. Tačiau daugiau kaip 70 % Lietuvos teritorijos upių subėga į Nemuno ir jo intakų (Neries, Nevėžio, Jūros, Merkio) baseinus. Nemuno baseinas užima beveik visą šalies teritoriją, išskyrus šiaurinę dalį. Į Baltijos jūrą Lietuvos teritorijoje be Nemuno įteka Baltijos mažųjų upių baseino upės (Šventoji, Bartuva, Danė, Smeltalė). Visos kitos šiaurinėje Lietuvos dalyje esančios upės į Baltijos jūrą įteka Latvijos teritorijoje. 13,8 % Lietuvos ploto užima Lielupės baseinas, kuriam priklauso Mūšos-Nemunėlio žemuma tekančios upės. 8 % teritorijos priklauso Ventos baseinui, 2,9 % – Dauguvos baseinui (Dysna, Laukesa). Mažiausia Lietuvos teritorijos dalis tenka Priegliaus baseinui (0,01 %).